proteomica
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Proteomica

L'analisi strutturale di peptidi e proteine e l'identificazione di proteine sconosciute sono tra gli aspetti più importanti delle biotecnologie sia per la ricerca di base che applicata. La Facility di Proteomica e Spettrometria di Massa del CEINGE fornisce una serie di servizi analitici altamente tecnologici indirizzati alla caratterizzazione strutturale di peptidi, proteine e glicoproteine basate sull'integrazione di procedure biochimiche classiche con metodologie avanzate di spettrometria di massa. Questi servizi analitici sono raggruppati nelle seguenti categorie:

Servizi di Spettrometria di Massa;

Servizi di Proteomici.

 

Tutti i Servizi analitici includono:

Specifica consulenza per la definizione delle strategie più idonee alla risoluzione dei problemi. Interpretazione dei risultati; conservazione dei dati per almeno un triennio; conversione dei dati in un formato adatto alla pubblicazione; una relazione scientifica firmata dal direttore del servizio sulle analisi eseguite (a richiesta). Accordi specifici potranno essere stipulati per analisi multiple o per numeri elevati di campioni.

In caso di servizi complessi che non si adattano con precisione all'elenco standard, verranno identificate le strategie più appropriate per affrontare il problema e verranno fornite le singole quotazioni in base alle esigenze specifiche.

 

Servizi di Spettrometria di Massa

 

Peso Molecolare accurato di Peptidi e Proteine.

Determinazione del peso molecolare accurato di peptidi e proteine mediante analisi con spettrometria di massa Electrospray o MALDI. Ove necessario si provvede anche alla desalificazione del campione mediante HPLC.

 

Peptide mapping, modifiche post-traduzionali e varianti.

Completa caratterizzazione di proteine native e recombinanti, analisi di proteine varianti e di mutanti, identificazione di modifiche post-traduzionali e maturazione proteolitica e assignazione dei ponti S-S. Pre-trattamento dei campioni sia in soluzione che in gel, idrolisi enzimatica, MALDI mapping.

 

Sequenza di Peptidi mediante Spettrometria di Massa Tandem

Separazione di peptidi mediante HPLC o analisi diretta di campioni purificati e determinazione della sequenza mediante esperimenti di spettrometria di massa tandem usando tecniche ES-MS/MS.

 

Analisi di Glicoproteine.

Completa caratterizzazione delle catene oligosaccaridiche in glicoproteine. Digestione della proteina, “stripping” enzimatico delle glicoforme, profilo MALDI/MS delle glicoforme e definizione strutturale delle singole glicoforme mediante spettrometria di massa tandem MALDI-MS/MS.

 

Analisi di Monosaccaridi.

Determinazione della composizione in monosaccaridi delle glicoproteine mediante idrolisi chimica, derivatizzazione ed analisi GC-MS.

 

Analisi di metaboliti.

Pre-trattamento del campione, derivatizzazione chimica e analisi GC-MS.

 

Servizi di Proteomica

 

Identificazione di proteine mediante MALDI mapping o LCMSMS

Identificazione di proteine frazionate mediante metodologie elettroforetiche mono o bidimensionali. Escissione delle bande proteiche, digestione in situ, analisi MALDIMS or LCMSMS della miscela di peptidi, ricerca in banche dati.

 

Separazione di campioni proteici mediante SDS-PAGE

Frazionamento di campioni proteici mediante SDS-PAGE per l’identificazione delle bande proteiche.

 

Analisi quantitativa di Proteomica Differenziale.

Identificazione e quantificazione di proteine differenzialmente espresse in linee cellulari o tessuti mediante metodologie di spettrometria di massa tandem secondo l'approccio "label free". L'intero contenuto proteico viene estratto dai campioni, purificato mediante estrazione in fase solida, digerito con tripsina e sottoposto ad analisi LC-MS / MS. La quantificazione label free delle proteine differenzialmente espresse viene eseguita valutando l'intensità di corrente associata a ciascun peptide secondo il metodo dello ione estratto (XIC) o il numero di frammentazione osservata per ciascun ione peptidico (Spectral Count, SpC).